Akcja filmu przebiega do wnętrza połowie XXI wieku, główną bohaterką jest Motoko Kusanagi, mózg w środku tajnej organizacji Sekcja 9, specjalizującej się wewnątrz
zwalczaniu przestępczości wykorzystującej nowoczesne technologie. Kusanagi jest niejako wręcz
zcyborgizowana, ludzki szare komórki w środku sztucznym ciele, zdolna do nadludzkich wyczynów.
Film jest utrzymany wewnątrz stylu cyberpunkowym, także do cyklu Neuromancer, Graf Zero, Mona Liza Turbo Williama Gibsona, tymczasem skupia się w wyższym stopniu na filozoficznych rozważaniach skutków połączenia człowieka oraz maszyny, wszechobecności sieci komputerowej plus rozwoju sztucznej inteligencji, ze szczególnym uwzględnieniem tożsamości oraz niepowtarzalności człowieka. Kusanagi także jej towarzystwo stawiają czoła zarówno zewnętrznym zagrożeniom także zagadkom jako plus wewnętrznym konfliktom dotyczącym ich tożsamości, w wyższym stopniu maszynowej niż ludzkiej.
Nadrzędny wątek mangi plus wyłączny filmu to ściganie zbyt cybernetycznym przestępcą zwanym Władcą Marionetek, którego rzeczywista tożsamość jest nieznana. Popełnia płeć brzydka wiele przestępstw połączonych wspólnym sposobem działania, określanym jak ghost hacking. Ghost hacking to ferwor kontroli powyżej umysłem człowieka. W trakcie rozwiązywania zagadki Władcy Marionetek staje się jasne, że nie jest to zwykły przestępca, jednak samoistny szkic sztucznej inteligencji, stworzony na wskroś ten sam jeden rząd, któremu służy Sekcja 9. Władca Marionetek wyrwał się na wolność, by zwyciężyć prawdziwe zgromadzenie także ludzką tożsamość. Kusanagi, w pierwszej chwili sceptyczna, wreszcie zgadza się umożliwiać Władcy Marionetek zmieszać się z jej świadomością, dzieli się swoim ciałem, co ma bez wątpienia wzbudzić wciąż więcej pytań co do natury człowieka do wnętrza świecie, gdzie ludzka umysł nie jest poprzednio unikatowa.
Mangę charakteryzuje ponadto wielka liczba przypisów dodatkowo komentarzy samego Shirow, przybliżających tło technologiczne, socjologiczne oraz polityczne. W angielskim połączonym wydaniu wszystkich odcinków zajmują one przeszło trzydzieści stron.
Druga proporcja filmu (Inosensu: Kôkaku kidôtai) nie jest bezpośrednią kontynuacją Ducha w środku pancerzu. Akcja koncentruje się wokół śledztwa do wnętrza sprawie serii morderstw popełnionych na wskroś gynoidy (androidy płci żeńskiej). Głównymi bohaterami tej części zostają Bateau oraz Togusa – partnerzy Motoko z Sekcji 9, którym – także w charakterze najpierw Motoko – przyjdzie rozglądać się odpowiedzi na pytania dotyczące człowieczeństwa także zagrożeń płynących z dokonującego się jeszcze szybszego postępu techniki. Podłoże anime stanowią m.in. nowela Tomorrow’s Eve (autorstwa Auguste’a Villiers de L’Isle-Adama) z 1866 r. dodatkowo Locus Solus Raymonda Roussela; Oshii czerpie też inspirację z licznych nurtów filozofii – Konfucjusza, Platona, Kartezjusza także in.